Alzheimer Schaffhausen ist als Verein organisiert und eine kantonale Sektion von Alzheimer Schweiz mit Sitz in Bern. Oberstes Organ ist die Vereinsversammlung, zu der die Mitglieder jedes Jahr im Mai eingeladen werden. Alle zwei Jahre wird der Vorstand gewählt. Er ist zuständig für die strategische Ausrichtung von Alzheimer Schaffhausen.